Natalie Pfister ist in Baden aufgewachsen. Nach ihrer Erstausbildung als Primarlehrerin zog sie für ihr Studium der Sozialpolitik und Zeitgeschichte nach Fribourg, wo sie ein Lizentiat erlangte. In ihrer dreijährigenTätigkeit als wissenschaftliche Mitarbeiterin beim Fachverband SKOS (Schweizerische Konferenz für Sozialhilfe) verfasste sie verschiedene Studien zu sozialpolitischen Themen rund um die Sozialhilfe.

Während einem langen Berlinaufenthalt realisierte und produzierte sie in Co-Regie mit Frank Haller ihren ersten Dokumentarfilm «Ménage à trois» über eine Senioren-WG in Berlin. Nach der Uraufführung an den Solothurner Filmtagen lief er schweizweit in diversen Kinos sowie im Schweizer Fernsehen.

Ihr im Rahmen des Masterstudiums Dokumentarfilm an der Zürcher Hochschule der Künste entstandener Film «Familienbruchstück» lief auf diversen Festivals und wurde für den First Steps Award nominiert.

Seit 2015 ist Natalie Pfister als freie Dokumentarfilmschaffende tätig. Sie lebt in Zürich, ist Mitglied des Regieverbands ARF und seit 2020 im Vorstand des Vereins «Zürich für den Film».